ニホンミツバチはもともと日本列島に住んでいたミツバチで、トウヨウミツバチの亜種です。セイヨウミツバチが入ってくる前の江戸時代には、紀州藩でニホンミツバチを使った養蜂が盛んに行われていたといいます。体表や足に長い毛があり、暗い茶褐色で、腹部全体が黒っぽく、一節ごとの白い縞が目立ちます。本州から九州に分布し、家の屋根裏、床下、野山の樹の穴など、閉鎖的な場所に巣をつくります。セイヨウミツバチに比べて、おとなしい性質をしています。